Η υποθαλάσσια εγκατάσταση ΕΝ.Α.Ε. είναι ένα κέντρο μέσα από το οποίο γίνεται η διαχείριση του ενάλιου πλούτου των δυτικών ακτών του Νότιου Παγασητικού. Εξυπηρετεί τις ανάγκες του Ι.ΕΝ.Α.Ε. (Ινστιτούτου Εναλίων Αρχαιολογικών Ερευνών) και αποσκοπεί τόσο στην εκπαίδευση όσο και την ψυχαγωγία των επισκεπτών. Το γεγονός ότι εντοπίζονται οχτώ αρχαία ναυάγια που εντάσσονται χρονολογικά από τους ύστερους ρωμαϊκούς έως τους βυζαντινούς χρόνους αποτέλεσε την αιτία να τοποθετηθεί η εγκατάσταση στην περιοχή ανάμεσα στη Στενή Αγκάλη και τον κολπίσκο Τηλέγραφο. Η θέση της παρέχει αμεσότητα στις εργασίες τόσο των αρχαιολόγων, όσο και του συνεργείου που κάνει καταδύσεις και ανασύρει τα αρχαία ευρήματα. Σε πραγματικό χρόνο είναι δυνατή η παρακολούθηση των υποθαλάσσιων εργασιών των δυτών και η κατεύθυνσή τους με τον καλύτερο τρόπο. Τα ευρήματα, λοιπόν, μεταφέρονται στα εργαστήρια της εγκατάστασης, όπου και πραγματοποιούνται οι εργασίες συντήρησης άμεσα και έπειτα τοποθετούνται στο υποθαλάσσιο μουσείο.
Η εγκατάσταση περιλαμβάνει τις παρακάτω χρήσεις:
Στη στεριά

•  θέσεις στάθμευσης για Ι.Χ. και λεωφορεία,
•  πρόσβαση από τους χώρους στάθμευσης στην προβλήτα.

Στη θάλασσα

•  προβλήτα και χώρους χρήσεων όπως κοιτώνες φιλοξενίας, αίθουσες αποθήκευσης εξοπλισμού, κέντρο εκπαίδευσης νέων αρχαιολόγων και εργαστήριο,
•  υποθαλάσσιο μουσείο, αμφιθέατρο και ηλεκτρονική βιβλιοθήκη,
•  καθώς επίσης και κλιμακοστάσιο που συνδέει το υπερθαλάσσιο με το υποθαλάσσιο τμήμα της εγκατάστασης.

Εφαρμόζονται μέθοδοι ενεργειακού σχεδιασμού, ώστε το κτίριο να λειτουργεί με μια σχετική αυτονομία όσον αφορά τον ηλεκτρισμό του και να επιτυγχάνει αερισμό στο υποθαλάσσιο τμήμα του. Εγκαθίστανται φωτοβολταϊκά στοιχεία στους υπερθαλάσσιους φλοιούς της εγκατάστασης και υποθαλάσσιοι αγωγοί που φέρνουν φρέσκο αέρα στο μουσείο.
Η εγκατάσταση αποσκοπεί στην εξυπηρέτηση των αρχαιολόγων του Ι.ΕΝ.Α.Ε, την ανάπτυξη της έρευνας και της διαχείρισης του ενάλιου πλούτου, την εκπαίδευση νέων αρχαιολόγων και δυτών ενάλιας αρχαιολογίας και στην ψυχαγωγία του κοινού που θα την επισκεφτεί.