Η ιδέα δημιουργίας νέου αρχαιολογικού μουσείου, προήλθε μετά από επίσκεψη στο ήδη υπάρχον μουσείο όπου διαπιστώθηκε η στασιμότητα των εκθεμάτων λόγω έλλειψης εκθεσιακών χώρων.

Ο χώρος για την δημιουργία νέου μουσείου επιλέχθηκε με βάση την ιδέα συνέχισης των αρχαίων τειχών και πύργων που περιβάλλουν τον Πειραιά, πλησίον της εισόδου του λιμένα της Ζέας, όπου στην αρχαιότητα φιλοξενούσε 196 τριήρεις σε νεώσοικους στην ακτή. Η σχέση του μουσείου με την θάλασσα, είναι για να δημιουργήσει μια αποθήκη – νεώσοικο, που συνάμα είναι τείχος και πύργος.

Η υψομετρική διαφορά της περιοχής βοήθησε ώστε το δώμα του μουσείου να λειτουργεί σαν πλατεία, αλλά και σαν συνέχεια της οδού που συνέδεε περιφερειακά το αρχαίο τείχος.

Το μουσείο έχει αίθουσες μόνιμων και περιοδικών εκθέσεων, γραφεία, βιβλιοθήκη, εργαστήρια συντήρησης, αποθήκες, καφέ και ένα μικρό αμφιθέατρο.

Επιλέχθηκε μια λιτή μορφή για το μουσείο, με σκοπό την ανάδειξη των εκθεμάτων και όχι την λειτουργία του ίδιου του κτιρίου ως έκθεμα. Σκοπός είναι να δημιουργεί ένα τείχος στην παραλία , που την χωρίζει σε δυο μέρη και να προκαλεί τον περαστικό να το διαβεί.

Σημαντικό ρόλο παίζουν τα αίθρια του μουσείου, κάποια ανοιχτά και κάποια κλειστά, τόσο για τον φωτισμό και τον αερισμό, όσο και για την οπτική επαφή του επιπέδου της έκθεσης με το επίπεδο του δώματος.

Ο πύργος στο τέλος του μουσείου λειτουργεί ως μια δευτερεύουσα είσοδος-έξοδος από το μουσείο, καφέ και σημείο παρατήρησης και μικρών περιοδικών εκθέσεων  αφού μπορεί να λειτουργήσει και ανεξάρτητα από το υπόλοιπο μουσείο όταν αυτό θα είναι κλειστό.